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这些人大部分都是陕西灾民出身，新疆有不少绿洲农业，现代都是农业大省。棉花、甜菜、小麦，还有哈密瓜、葡萄等瓜果也大大有名，正好让他们移民过去进行开发。当然行政区域上不会再用“新疆”这种不伦不类，还留有隐患的名称，而使用唐代时的旧称，安西、北庭分治南北。
其他地方卫所制已经废除，卫所籍等同民籍，即便战时状态结束也没有恢复，不过安西和北庭决定恢复卫所制，各驻十万大军，及其家属，采用“生产建设兵团”的制度。至于行政官员，新科举早就已经走上正轨，对于赴安西和北庭任职的官员的升迁品级和俸禄给予一些“优惠”有大把的人愿意去。
西征战役之后，最后的一场大战了结，战时状态结束。至此，明朝社会完全进入了和平发展的阶段，就连崇祯本人处理的事情也大为减少了。沈飞则基本于处旁边的状态，就是和完颜萍一起教一下何铁手、阿九和郑成功三个亲传弟子，提议崇祯组建医学院，把自己的医学经验整理成着作交给医学院一起研究，不再是简单的师徒传承，一起改进几个丹方。
崇祯六年瘟疫爆发了以后，在沈飞的暗中引导之下，吴有性三年时间就提前总结出了致病的因素是“疬气”（病毒），和历史上没有引起重视不同，这时薄珏已经制作出了显微镜，已经可以看到“疬气”，很快被同行接受，温病学四阶段卫气营血也提前出世，不到一年就形成一支中医的流派在民间冶疫中产生了很大影响，吴有性本人当然也成了格理院翰林学士和医学院成员，还因为治疫有功得到了伯爵爵位。
显微镜出来了，望远镜当然也有突破，远超过了欧洲的水平，崇祯十二年编纂完成的《崇祯历书》刊印并且正式颁布新历，经过了之前李之藻制作地球仪的出售推广，“地球”概念在知识分子群体中已经深入人心。新历确实也有反对者，不过因为已经正式颁布，没有像历史上经过十年争论，加上之前科举里加入数学、几何等新内容，低配版望远镜也已经在民间发售，反对者也大多是以数学方法对新历法进行验算，倒是又带动起了一波新的数学几何热潮。
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