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（一）户籍登记与身份区隔
元朝户籍制度实行“诸色户计”，即在职业户种（军户、匠户、民户等）之外，叠加民族等级属性。登记时，官府需在户籍册中明确标注“蒙古”“色目”“汉人”“南人”身份，甚至细化到具体部族（如色目人中的“畏兀儿”“回回”）。例如，1970年出土的《黑城户籍文书》显示，甘肃亦集乃路（今内蒙古额济纳旗）的户籍簿中，每户均注明民族成分，蒙古军户可免服杂泛差役，而汉人民户需承担沉重赋役。
不同民族的户籍档案由不同机构保管：蒙古宗王、贵族的户籍属宗正府“玉牒”系统，严禁汉人官员查阅；色目富商大贾的户籍由市舶司与地方官府共管；汉人与南人的户籍则归入州县“黄册”，但需定期向蒙古监察机构“肃政廉访司”报备。这种隔离式管理，从制度上固化了民族间的身份鸿沟。
（二）政治权利的等级分配
1. 入仕途径的民族限制
元朝官制中，中央政府的核心职位（如中书省丞相、枢密使）几乎全由蒙古、色目贵族担任。至元二年（1265）规定：“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，色目人充同知，永为定制。”达鲁花赤作为地方最高监临官，必须由蒙古人或少数亲信色目人担任，汉人、南人仅能担任副职。科举考试更凸显民族歧视。延佑复科（1315年）后，将进士录取分为左右两榜：蒙古、色目人考“右榜”，题目较易，录取名额各25人；汉人、南人考“左榜”，题目较难，录取名额各25人，但南人人口占全国八成以上，录取比例悬殊。如泰定元年（1324）进士榜，南人录取者仅占16%，且不得担任翰林国史院等清贵官职。
2. 司法特权的制度化
《元典章》规定：“蒙古人扎死汉人，杖五十七，征烧埋银；汉人扎死蒙古人，处死，征烧埋银。”若蒙古人因纠纷殴打汉人，汉人不得还手，只能向官府申诉，违者严惩。至元九年（1272）更明令：“禁汉人、南人、高丽人不得执持军器，凡有马者拘收。”汉人、南人私藏铁器超过一尺者，即按“谋反”论处。
（三）经济赋役的差异化负担
1. 赋税征收的民族倾斜
蒙古人作为“国族”，享有赋税优免权。至元十七年（1280）定制：蒙古军户仅需缴纳“四顷免税”外的少量税粮，而汉人民户需按亩缴纳夏税（丝料）、秋税（粮食），南人地区更需缴纳额外的“江南夏税”（以实物或银两征收）。据《元史·食货志》记载，江南地区的田赋比华北高出三倍，而南人地主需承担其中七成以上，蒙古、色目贵族的庄园则多获免税特权。
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